Оказалось, что у коллег есть аналогичная проблема и тогда за разъяснениями мы обратились в техподдержку Яндекс.Директа. После довольно продолжительного ожидания (а время, как известно - деньги наших клиентов) получили такой ответ:
«Сейчас при экспорте XLSX-файлов вправду объявления могут выгружаться без основной ссылки. Коллеги из разработки уже знают об этом и решают проблему. Сроки мы назвать не можем, но эта особенность не влияет на возможность и эффективность дальнейшего размещения. Извините, пожалуйста, за неудобства.
Пока рекомендуем после импорта такого файла добавлять ссылку непосредственно в Коммандере. Массово это можно сделать в Инспекторе (третья панель) – нужно выделить объявления и в Инспекторе в поле Ссылка указать нужную, она применится ко всем выбранным объявлениям.
Еще вы можете экспортировать кампании CSV-файлом. В этом формате основные ссылки будут отображаться правильно».